La taxonomie (on dit aussi taxinomie) est la science qui en Biologie étudie la classification des êtres vivants. Ce besoin de classification provient du fait que tous les organismes vivant actuellement et aussi ceux dont l'espèce est éteinte, proviennent d'organismes ancestraux, par le mécanisme complexe de l'évolution des espèces.


De par la diversité des êtres vivants rencontrés, ce classement est très difficile à effectuer et en fait, il n'est pas "arrêté", mais en constante évolution, au fur et à mesure que de nouvelles études et de nouvelles découvertes sont réalisées.


Les très nombreuses espèces de bactéries connues entrent dans cette classification et c'est ce que nous allons voir brièvement ici.



Un ancêtre commun ou bien une communauté d'ancêtres ?

Voici représenté schématiquement les trois grands domaines d'êtres vivants, dérivant tous sembletait-il, d'un ancêtre commun :

- Les archaebactéries (ou archéobactéries)
- les bactéries (ou eubactéries)
- les eucaryotes



Représentation schématique de "l'arbre de la vie".

Il est à noter que la notion d'ancêtre commun est de plus en plus discutée et semble peut-être remise en question au sein de la communauté scientifique. En effet, il serait possible qu'un grand nombre "d'organismes ancestraux" plus ou moins proches les uns des autres et ne dérivant pas forcément tous d'un ancêtre commun unique, aient été à l'origine de la diversification ultérieure en bactéries, archaebactéries et eucaryotes.


NB : Il est à noter que les virus sont des "organismes" à part, parasites, sans noyaux, et qu'ils n'entrent dans aucune des trois catégories ci-dessus. On peut les regrouper sous le vocable d'ACARYOTES.


De nos jour, la connaissance de la séquence nucléique de certaines molécules comme les ARNs ribosomiques par exemple, permet de dresser des schémas dit philogénétiques établissant la distance génétique qu'il existe entre les espèces. En effet, plus la séquence nucléique sera proche, plus les espèces étudiées seront voisines. A l'inverse, si la séquence nucléique est moins homologue, on pourra considérer que les espèces en questions sont plus éloignées.


Voici une représentation schématique de la parenté des grands domaines de la vie, obtenu par une méthode de comparaison de séquences nucléiques inter-espèces :



Représentation schématique d'un arbre philogénétique obtenu à partir de données moléculaires.


Comment classifier les bactéries ?

La classification des bactéries entre elles repose sur plusieurs types d'observations et d'études. Les bactéries peuvent ainsi être classées et donc identifiées en fonction :

- de leur morphologie microscopique (bactérie de type coque, bacille, vibrion ; isolés, par deux, en chaînettes...)
- de leur morphologie macroscopique (taille, forme, couleur... des colonies sur milieux de culture gélosés)
- de leur mobilité (mobilité ou immobilité à une température donnée)
- de la présence de spores (à l'état frais ou après coloration)
- du résultat de la coloration de Gram (coloration de Gram positive ou négative)
- de la température de croissance (4° C, 20° C, 30° C, 37° C...)
- du type respiratoire (aérobie, anaérobie strict, aéro-anaérobie facultatif, microaérophile..)
- des besoins nutritionnels (nécessité de substances particulière pour le développement)
- de la capacité à utiliser certaines sources de carbone ou d’azote (on parlera de biotypes ou biovars, de zymotypes ou zymovars)


Une donnée importante pour la classification bactérienne est le pourcentage en nucléotides G et C (% G + C) de chaque génome. Ainsi, deux espèces bactériennes proches auront des pourcentage en G et C voisins.


En bactériologie médicale, les bactéries sont classifiées en fonction du type de pathologie occasionné. Ainsi parlera t'on de pathotypes ou pathovars. Dans le cadre de la bactériologie médicale, souvent, l'étude de la sensibilité bactérienne aux antibiotiques, l'étude des caractéristiques antigéniques et enfin l'étude de la sensibilité à certains bactériophage (virus spécifiques des bactéries) : on parlera respectivement d'antibiotypes, de sérotypes ou sérovars, et de lysotypes ou lysovars.



Classification :

Les organismes procaryotes (Procaryotae) regroupent les organismes unicellulaires ne présentant pas de noyau individualisé, c'est à dire les Bactéries et les Archaebactéries. Les Eucaryotes (Eucarya) regroupent quand à eux l'ensemble des organismes unicellulaires ou multicellulaire à noyau individualisé.


Le rêgne (Procaryotae) est le premier niveau de classification. Vient ensuite le domaine (Bacteria), le phylum, la classe, l'ordre, la famille, le genre, et l'espèce. Cette dernière constitue l'unité de classification. Toutefois, il est souvent nécessaire de subdiviser une espèce en différentes sous-espèces (subspecies).


Voici la classification du colibacille bien connu, ou Escherichia coli :

- règne : Procaryotae
   - domaine : Bacteria
     - phylum : Proteobacteria
       - classe : Gammaproteobacteria
         - ordre : Enterobacteriales
           - famille : Enterobacteriaceae
             - genre : Escherichia
               - espèce : Escherichia coli


L'on notera que les noms latins s'écrivent en italique et qu'au niveau de la dénomination d'une espèce, le nom du genre prend une majuscule : Escherichia, ce qui n'est pas le cas du nom de l'espèce : coli. On emploi souvent la notation suivante E. coli, ou le nom du genre est représenté par l'initiale.


Le phylum des Protéobactéries (divisé en plusieurs classes : Alpha- Beta-, Gamma-, Delta- et Epsilon-proteobacteria) auquel appartient Escherichia coli est l'un des nombreux phyla bactérien connus.


Nous nous intéresserons ici à certains genres bactériens, souvent les plus important en bactériologie médicale, et que l'on retrouve dans les phyla suivants : Actinobacteria, Bacteroidetes, Chlamydiae, Firmicutes, Fusobacteria, Proteobacteria et Spirochaetes