2. Classification des phytases :

2.2 Phytases métallo-dépendantes :

2.2.2. Les ions calcium liés faiblement se trouvent au niveau du site actif :

Après l’observation que l’activité catalytique est directement liée à la présence de Calcium dans le milieu, il pouvait être attendu que ces ions doivent se trouver au niveau du site actif. Des études plus poussées ont montré que la présence du calcium au niveau des sites de haute affinité n’est pas suffisante pour observer une activité catalytique. Par contre la présence de calcium au niveau des trois sites à l’extrémité supérieure de la molécule est nécessaire pour l’activité catalytique. En effet, ces trois ions forment une triade avec le Ca4 et Ca6 à 5,2 Å et 4,1 Å près du Ca5 respectivement.



Figure 14 : Représentation des interactions présentes au niveau des sites à faible affinité par les ions calcium. Noter que les ions Ca5 et Ca6 ne présentent pas sa couche de coordination complète, ceci est responsable de la faible affinité observée, mais aussi de la fixation du substrat au site catalytique.


De la même façon que le Ca1 et le Ca3, ces trois ions neutralisent les charges négatives présentes par coordination. Ainsi, le Ca4 est coordiné avec l’Asp55, Glu211, Asn99, Asn100 ainsi qu’avec une molécule d’eau( wat1). Le Ca5 est coordiné avec le Glu227, Tyr159(par le groupe hydroxyle), et partage le Glu211 et wat1 avec Ca4 et Glu260 avec Ca6.

Enfin, le Ca6 est coordiné avec les résidus Asp258, Glu260, Glu279. Wat1 interagit aussi avec le Glu211 et l’Asp314. Noter que le Ca5 et Ca6 présentent des sites de coordination libres, ce qui explique pourquoi ces sites sont dits de faible affinité.