Les nombreux RCPGs clonés peuvent être répartis en trois grands groupes, en fonction des homologies de séquence primaire qu'ils présentent entre eux :

Le groupe I est constitué des récepteurs apparentés à la rhodopsine, c'est-à-dire la grande majorité des RCPGs que sont les récepteurs des composés aminés, puriques et lipidiques, de certains peptides, des glycoprotéines, des protéases, ainsi que les récepteurs sensoriels qui répondent aux stimuli gustatifs, olfactifs et visuels.

Le groupe II rassemble les récepteurs de certaines hormones peptidiques (calcitonine, CRF, GIP, glucagon et glucagon-like peptide, GH-RH, PTH et PTH-RP, PACAP, sécrétine et VIP), ainsi que pour l'hormone diurétique, auxquels se rattachent les récepteurs de type EGF-TM7 récemment identifiés (Mcknight et Gordon, 1996), les récepteurs Cadherin EGF LAG (CELSR), les protéines nommées Brain-specific Angiogenesis Inhibitor (BAI1, 2 et 3) ainsi que la Latrophiline, l'un des récepteur de la latrotoxine et enfin les protéines Methuselah-like (MTH-like) de drosophile.

Enfin, le groupe III, le moins représenté, est composé des huit sous-types de récepteurs métabotropiques de l'acide glutamique associés au récepteur des glandes parathyroïdes, sensible aux ions Ca⁺⁺ (Ca⁺⁺-sensing) et du récepteur de l'acide g-aminobutyrique (GABAB). Un récepteur bifonctionnel activé par les ions Ca⁺⁺ et l'acide glutamique, a d'ailleurs été isolé à partir de cerveau de saumon (Oncorhynchus masou) par une technique d'expression dans l'ovocyte de xénope (Kubokawa et coll., 1996). L'existence de ce récepteur montre la très proche parenté des récepteurs de l'acide glutamique et du récepteur sensible au Ca⁺⁺. Le récepteur de l'acide g-aminobutyrique (GABA) de sous-type B qui a été cloné récemment (Kaupmann et coll., 1997), appartient aussi à ce troisième groupe.

Classification des RCPGs en trois groupes :

Groupe I :   Rhodopsine et opsines Molécules olfactives Molécules gustatives Amines Nucléosides Nucléotides Lysophosphospholipides : LPA, S1P, SPC Platelet Activating Factor Leukotriène B4 Prostaglandines Cannabinoides Peptides Chimiokines, anaphylatoxines, peptides N-formylés, Antigène Duffy Sécrétagogues de la GH Hormones protéiques Récepteurs viraux	Groupe II :   Calcitonine Corticotropin releasing factor - CRF Gastric inhibitory peptide - GIP Glucagon et glucagon-like peptide Growth hormone-releasing hormone - GH-RH Hormone parathyroidienne - PTH PTH-related peptide - PTH-RP PACAP Sécrétine Vasoactive intestinal polypeptide - VIP Récepteurs EGF-TM7 Cadherin EGF LAG (CELSR) Latrophiline Brain-specific Angiogenesis Inhibitor (BAI) Methuselah-like proteins (MTH) (drosophile)	Groupe III :   Récepteurs metabotropiques du glutamate Extracellular calcium-sensing Récepteurs GABA-B Récepteurs des phéromones

    Groupe I : récepteurs de type rhodopsine.
    Groupe II : récepteurs de type récepteur de la sécrétine.
    Groupe III : récepteurs de type récepteurs métabotropiques du glutamate.